MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 20299

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	GAG	2	6	1046	1051	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625374
2	NC_015744	GCGTA	2	10	1070	1079	20 %	20 %	40 %	20 %	339625374
3	NC_015744	TCT	2	6	1148	1153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
4	NC_015744	CTT	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
5	NC_015744	TAA	3	9	1215	1223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
6	NC_015744	AAT	2	6	1273	1278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
7	NC_015744	CATG	2	8	1293	1300	25 %	25 %	25 %	25 %	339625374
8	NC_015744	TATCCA	2	12	1305	1316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625374
9	NC_015744	A	6	6	1337	1342	100 %	0 %	0 %	0 %	339625374
10	NC_015744	AGAT	2	8	1345	1352	50 %	25 %	25 %	0 %	339625374
11	NC_015744	AGGA	2	8	1423	1430	50 %	0 %	50 %	0 %	339625374
12	NC_015744	TATGG	2	10	1435	1444	20 %	40 %	40 %	0 %	339625374
13	NC_015744	TC	3	6	1445	1450	0 %	50 %	0 %	50 %	339625374
14	NC_015744	TCT	2	6	1469	1474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
15	NC_015744	T	6	6	1474	1479	0 %	100 %	0 %	0 %	339625374
16	NC_015744	GAA	2	6	1548	1553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625374
17	NC_015744	AGG	2	6	1603	1608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625374
18	NC_015744	TGT	2	6	1637	1642	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625374
19	NC_015744	ACA	2	6	1709	1714	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625374
20	NC_015744	TTTCG	2	10	1719	1728	0 %	60 %	20 %	20 %	339625374
21	NC_015744	TGA	2	6	1742	1747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625374
22	NC_015744	TG	3	6	1789	1794	0 %	50 %	50 %	0 %	339625374
23	NC_015744	GTCT	2	8	1836	1843	0 %	50 %	25 %	25 %	339625374
24	NC_015744	CAA	2	6	1899	1904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625374
25	NC_015744	TAA	2	6	1910	1915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
26	NC_015744	TCT	2	6	1919	1924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
27	NC_015744	GAA	2	6	1928	1933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625374
28	NC_015744	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	339625374
29	NC_015744	TAA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
30	NC_015744	GAG	2	6	2004	2009	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625374
31	NC_015744	TTTG	2	8	2043	2050	0 %	75 %	25 %	0 %	339625374
32	NC_015744	CCTT	2	8	2066	2073	0 %	50 %	0 %	50 %	339625374
33	NC_015744	CTT	3	9	2149	2157	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
34	NC_015744	TAA	2	6	2229	2234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
35	NC_015744	A	6	6	2244	2249	100 %	0 %	0 %	0 %	339625374
36	NC_015744	CAG	2	6	2274	2279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625374
37	NC_015744	AAGG	2	8	2313	2320	50 %	0 %	50 %	0 %	339625374
38	NC_015744	AAC	2	6	2425	2430	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625374
39	NC_015744	T	8	8	2477	2484	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
40	NC_015744	T	7	7	2490	2496	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
41	NC_015744	GAG	2	6	2501	2506	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625375
42	NC_015744	T	6	6	2516	2521	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
43	NC_015744	CTT	2	6	2565	2570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625375
44	NC_015744	T	6	6	2590	2595	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
45	NC_015744	ATT	2	6	2662	2667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625375
46	NC_015744	T	6	6	2745	2750	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
47	NC_015744	T	6	6	2757	2762	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
48	NC_015744	GTC	2	6	2791	2796	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625375
49	NC_015744	AGG	2	6	2814	2819	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625375
50	NC_015744	AG	3	6	2842	2847	50 %	0 %	50 %	0 %	339625375
51	NC_015744	T	6	6	2871	2876	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
52	NC_015744	ATT	2	6	2884	2889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625375
53	NC_015744	ATC	2	6	3046	3051	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625376
54	NC_015744	T	7	7	3059	3065	0 %	100 %	0 %	0 %	339625376
55	NC_015744	ATG	2	6	3091	3096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625376
56	NC_015744	A	6	6	3130	3135	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
57	NC_015744	AAC	2	6	3199	3204	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625376
58	NC_015744	GAGAA	2	10	3214	3223	60 %	0 %	40 %	0 %	339625376
59	NC_015744	CT	4	8	3234	3241	0 %	50 %	0 %	50 %	339625376
60	NC_015744	ACA	2	6	3258	3263	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625376
61	NC_015744	A	7	7	3302	3308	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
62	NC_015744	TGCTT	2	10	3395	3404	0 %	60 %	20 %	20 %	339625376
63	NC_015744	TCA	2	6	3434	3439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625376
64	NC_015744	GGT	2	6	3441	3446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625376
65	NC_015744	TTG	2	6	3496	3501	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625376
66	NC_015744	AAG	2	6	3590	3595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
67	NC_015744	AGC	2	6	3644	3649	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625376
68	NC_015744	TGG	2	6	3709	3714	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625376
69	NC_015744	GAA	2	6	3729	3734	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
70	NC_015744	TGG	2	6	3747	3752	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625376
71	NC_015744	A	6	6	3774	3779	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
72	NC_015744	TCT	2	6	3804	3809	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625376
73	NC_015744	ATG	2	6	3883	3888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625376
74	NC_015744	AAG	2	6	3894	3899	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
75	NC_015744	CTT	2	6	3904	3909	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625376
76	NC_015744	TCA	2	6	3970	3975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625376
77	NC_015744	TTG	2	6	4014	4019	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625376
78	NC_015744	TGT	2	6	4033	4038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625376
79	NC_015744	CT	3	6	4095	4100	0 %	50 %	0 %	50 %	339625376
80	NC_015744	TC	3	6	4139	4144	0 %	50 %	0 %	50 %	339625376
81	NC_015744	AGA	2	6	4150	4155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
82	NC_015744	CAA	2	6	4222	4227	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625376
83	NC_015744	AAG	2	6	4276	4281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
84	NC_015744	A	7	7	4298	4304	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
85	NC_015744	AGC	2	6	4321	4326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625376
86	NC_015744	TTTG	2	8	4347	4354	0 %	75 %	25 %	0 %	339625376
87	NC_015744	AAG	2	6	4407	4412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
88	NC_015744	TGCT	2	8	4429	4436	0 %	50 %	25 %	25 %	339625376
89	NC_015744	A	6	6	4491	4496	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
90	NC_015744	GTTT	2	8	4577	4584	0 %	75 %	25 %	0 %	339625376
91	NC_015744	TAT	2	6	4585	4590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625376
92	NC_015744	AAG	2	6	4634	4639	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
93	NC_015744	CAGC	2	8	4656	4663	25 %	0 %	25 %	50 %	339625376
94	NC_015744	AG	3	6	4669	4674	50 %	0 %	50 %	0 %	339625376
95	NC_015744	AGA	2	6	4682	4687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
96	NC_015744	GAA	2	6	4689	4694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
97	NC_015744	ACT	2	6	4707	4712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625376
98	NC_015744	AAAC	2	8	4736	4743	75 %	0 %	0 %	25 %	339625376
99	NC_015744	AGA	2	6	4790	4795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
100	NC_015744	AG	3	6	4847	4852	50 %	0 %	50 %	0 %	339625376
101	NC_015744	GAA	2	6	4869	4874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
102	NC_015744	AATC	2	8	4895	4902	50 %	25 %	0 %	25 %	339625376
103	NC_015744	GTT	2	6	4962	4967	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625376
104	NC_015744	ACTGT	2	10	5097	5106	20 %	40 %	20 %	20 %	339625376
105	NC_015744	AAG	2	6	5115	5120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
106	NC_015744	TCT	2	6	5139	5144	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625376
107	NC_015744	CCTT	2	8	5365	5372	0 %	50 %	0 %	50 %	339625377
108	NC_015744	ATTCT	2	10	5381	5390	20 %	60 %	0 %	20 %	339625377
109	NC_015744	TTA	2	6	5440	5445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625377
110	NC_015744	T	8	8	5513	5520	0 %	100 %	0 %	0 %	339625377
111	NC_015744	AGA	2	6	5574	5579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625377
112	NC_015744	T	6	6	5744	5749	0 %	100 %	0 %	0 %	339625377
113	NC_015744	TCA	2	6	5751	5756	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625377
114	NC_015744	TAT	2	6	5773	5778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625377
115	NC_015744	TTG	2	6	5871	5876	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625377
116	NC_015744	ATT	2	6	5935	5940	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625377
117	NC_015744	CTTT	2	8	5960	5967	0 %	75 %	0 %	25 %	339625377
118	NC_015744	AGA	3	9	6000	6008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625377
119	NC_015744	TCG	2	6	6009	6014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625377
120	NC_015744	TAC	2	6	6045	6050	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625377
121	NC_015744	T	6	6	6106	6111	0 %	100 %	0 %	0 %	339625377
122	NC_015744	AGA	2	6	6162	6167	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625377
123	NC_015744	CTTA	2	8	6239	6246	25 %	50 %	0 %	25 %	339625377
124	NC_015744	TTGAA	2	10	6263	6272	40 %	40 %	20 %	0 %	339625377
125	NC_015744	TTCG	2	8	6299	6306	0 %	50 %	25 %	25 %	339625377
126	NC_015744	T	6	6	6373	6378	0 %	100 %	0 %	0 %	339625377
127	NC_015744	AGA	2	6	6420	6425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625377
128	NC_015744	TTG	2	6	6573	6578	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625378
129	NC_015744	ATT	2	6	6587	6592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625378
130	NC_015744	TTCG	2	8	6641	6648	0 %	50 %	25 %	25 %	339625378
131	NC_015744	GT	3	6	6650	6655	0 %	50 %	50 %	0 %	339625378
132	NC_015744	TTC	2	6	6663	6668	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625378
133	NC_015744	TTG	2	6	6699	6704	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625378
134	NC_015744	GAAA	2	8	6727	6734	75 %	0 %	25 %	0 %	339625378
135	NC_015744	A	6	6	6732	6737	100 %	0 %	0 %	0 %	339625378
136	NC_015744	TTCT	2	8	6759	6766	0 %	75 %	0 %	25 %	339625378
137	NC_015744	TTG	2	6	6880	6885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625378
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168	NC_015744	TGTT	2	8	8210	8217	0 %	75 %	25 %	0 %	339625379
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